Eine ICSI-Behandlung verläuft weitgehend ebenso, wie eine klassische IVF-Behandlung. Die Frau erhält vorab meistens hormonelle Stimulationen, um mehr Eizellen zu produzieren. Durch Kontrolluntersuchungen wird ermittelt, ob eine/mehrere Eizellen genügend Reife besitzen, um den Eisprung auszulösen. trifft dies zu, können nach 36 Stunden, unter leichter kurzer Anästhesie, die reifen Eizellen den Eierstöcken entnommen werden. Dieser Eingriff wird ambulant durchgeführt. Die Frau kann nach etwa zwei/vier Stunden die Praxis verlassen.
Die Ärztin/der Arzt befruchtet direkt am gleichen Tag eine oder sogar gleich mehrere Eizellen nach ICSI Methode. Dafür werden entsprechend gute Samenzellen benötigt.
Es kann sich hierbei um frische Spermien handeln. Dafür muss der Mann in einem gesonderten Raum der Praxis masturbieren. Die Spermien werden sofort im Labor kontrolliert und aufbereitet. Anschließend wird eine oder mehrere Samenzellen für die ICSI Befruchtung ausgesucht. Es können jedoch auch Spermien verwendet werden, die vorher mittels MESA (Nebenhoden) oder TESE (Hoden) gewonnen und danach eingefroren wurden. Diese werden ebenfalls am gleichen Tag aufgetaut und speziell aufbereitet.
Wurde die Eizelle mittels speziellem Mikroskop mit einer Samenzelle befruchtet, wird diese in einem Brutschrank gelagert. War die Befruchtung erfolgreich und die Eizelle entwickelt sich weiter, erfolgt der nächste Schritt zwischen dem 2. und maximal 6. Tag nach Eizellentnahme. Hierbei wird der Embryo mithilfe eines dünnen Katheders in der Gebärmutter platziert. Dies erfolgt im Allgemeinen schmerzlos.